5 декабря отошел ко Господу Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II, 18 лет возглавлявший Русскую Православную Церковь. Кончина Предстоятеля Русской Церкви последовала на 80-м году жизни в Патриаршей резиденции в подмосковном Переделкине. Вечером гроб с телом новопреставленного Патриарха был перенесен в Крестовый храм в честь иконы Божией Матери "Скоропослушница" Патриаршей резиденции. В течение всей ночи у гроба почившего Первосвятителя священнослужители непрерывно читали Евангелие. Утром 6 декабря в храме была совершена Божественная литургия, за которой возносились молитвы "об упокоении души усопшего раба Божия в Бозе почившего новопреставленного Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II". По окончании Божественной литургии была совершена панихида, после которой участники богослужения простились с усопшим. Затем у гроба продолжились заупокойные чтения Евангелия. По благословению Священноначалия во всех храмах Русской Православной Церкви 40 дней будут совершаться литии и панихиды по новопреставленному Святейшему Патриарху Алексию.

В связи с кончиной Святейшего Патриарха Алексия Президент Дмитрий Медведев обратился к гражданам России: "Дорогие граждане России! Нашу страну, наше общество постигло огромное горе - умер Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. Он был не только выдающимся религиозным деятелем, подлинным духовным лидером - он был великим Гражданином России. Человеком, в судьбе которого отразились все тяжелейшие испытания переломного для нашей страны ХХ века. Истинным пастырем, который всю свою жизнь служил примером духовной стойкости и высоких человеческих поступков. Находился рядом со своей паствой и в дни гонений, и в период возрождения веры. Именно с ним, с его именем прямо связаны подъем Русской Православной Церкви, действительное утверждение принципов свободы совести и вероисповедания. И конечно - гражданский мир и согласие в такой многонациональной и многоконфессиональной стране, как Россия. Масштаб самой личности Патриарха оказал колоссальное воздействие на духовную жизнь и нравственное состояние российского общества. Он проповедовал объединительные общечеловеческие ценности - гуманизм, добро, милосердие. Призывал к взаимоуважению, терпимости и доверию между людьми разных верований и традиций. Был инициатором диалога между Церквами и народами. И своим словом и делом - мудро примирял разномыслие во взглядах. Служил единению всей российской нации. Под его началом Православная Церковь превратилась в один из авторитетных институтов, плодотворно взаимодействующих с государством. Московский Патриархат приобрел уважение и авторитет не только в России, но и в международном религиозном сообществе. Уже с первых дней своего Патриаршества Алексий II стремился к преодолению трагического раскола Русской Православной Церкви и возрождению ее во всей полноте и величии. И в том, что такое воссоединение состоялось - его огромная личная заслуга. Самоотверженно исполняя свой пастырский долг, Святейший Патриарх Московский и всея Руси осознавал ответственность не только за Церковь, но и за всю Россию. Все мы глубоко скорбим о его кончине. Это тяжелая утрата и лично для меня. Мы всегда будем помнить о его духовной помощи, мудрости и безграничной преданности своей стране и своему народу. Его поддержку мы будем ощущать всегда. Вечная ему память!"

Госдума России почтила память Святейшего Патриарха Алексия, прервав пленарное заседание минутой молчания.

Первоиерарх Русской Зарубежной Церкви Митрополит Иларион выразил соболезнование Русской Православной Церкви: "С болью в сердце воспринял я весть о кончине Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и от имени Русской Зарубежной Церкви спешу выразить свое соболезнование Священному Синоду, собратьям­архипастырям, всечестным отцам, братьям, сестрам и детям всей Русской Православной Церкви. Воистину, как говорит преподобный Симеон, Новый Богослов: "Начало жизни у меня есть конец, конец - начало, я не знаю, откуда прихожу, не знаю, где нахожусь, и не знаю, куда опять завтра пойду". Такова судьба каждого человека. И ныне, в сей час нашей общей заупокойной молитвы, перед нами встает светлый образ Святейшего Патриарха Алексия, который поистине был добрым и самоотверженным подвижником возрождения Русской Православной Церкви, восставшей из руин после стольких лет безбожных гонений. Новопреставленный Святейший Патриарх был проповедником покаяния и возвращения русского народа к своим историческим корням, к своим святорусским идеалам. Призываю собратьев-архипастырей, клир и паству Русской Зарубежной Церкви к молитве о упокоении души Святейшего Патриарха Алексия". 6 декабря Митрополит Иларион совершил заупокойную Божественную литургию по новопреставленному Святейшему Патриарху Алексию в Серафимовской церкви в г. Си-Клиф (Нью-Йорк).

Предстоятели Церквей, главы государств, официальные лица выразили соболезнования Русской Православной Церкви в связи с кончиной Святейшего Патриарха Алексия. Верховная Рада Украины почтила минутой молчания память Патриарха Московского и всея Руси. В разных странах мира совершены поминальные службы. Множество людей пришли в посольства Российской Федерации выразить свое соболезнование.

Российские телеканалы изменили телепрограммы в связи с кончиной Патриарха. По многим каналам показывали документальные фильмы "Памяти Патриарха Московского и всея Руси Алексия II", "Портрет эпохи", "Патриарх", сюжеты, посвященные памяти Святейшего Патриарха.

6 декабря в Патриаршей резиденции в Переделкине состоялось заседание Священного Синода Русской Православной Церкви. Члены Священного Синода вознесли у гроба новопреставленного Святейшего Патриарха Алексия молитву о его упокоении. Заседание открыл старейший по хиротонии постоянный член Священного Синода митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир. В соответствии с п. 13 главы IV Устава Русской Православной Церкви было совершено избрание Местоблюстителя Патриаршего престола. Из семи постоянных членов Священного Синода тайным голосованием Патриаршим Местоблюстителем избран Преосвященный Митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл. Постановили: 1. Имя Патриаршего Местоблюстителя возносить за богослужением во всех храмах Русской Православной Церкви по следующей формуле: "О Господине нашем, Патриаршем Местоблюстителе, Высокопреосвященнейшем Кирилле, Митрополите Смоленском и Калининградском". 2. В соответствии с п. 15 главы IV Устава Русской Православной Церкви Митрополиту Крутицкому и Коломенскому Ювеналию вступить в самостоятельное управление Московской епархией. Его имя возносить за богослужением во всех храмах г. Москвы после имени Патриаршего Местоблюстителя. 3. Отпевание Святейшего Патриарха Алексия совершить в Кафедральном соборном храме Христа Спасителя 9 декабря сего года, а погребение, согласно его воле, в Богоявленском кафедральном соборе г. Москвы. Принято Обращение к епископату, клирикам, монашествующим и мирянам Русской Православной Церкви: "Священный Синод Русской Православной Церкви с глубокой скорбью извещает, что 5 декабря 2008 года в Патриаршей резиденции в Переделкине на 80-м году жизни преставился ко Господу Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий. Уповаем, что Всещедрый Спаситель мира с любовью примет в Свои объятия почившего Предстоятеля Церкви, неустанно трудившегося на ниве Христовой и полагавшего все силы ради блага Православия. Да сопричтет его Бог "к торжествующему собору и церкви первенцев, написанных на небесах... и к духам праведников, достигших совершенства" (Евр 12. 23). Всех архипастырей, клириков, монашествующих и мирян призываем вознести усердные молитвы о упокоении души усопшего Святейшего Патриарха Алексия во обителях вечных, "идеже несть болезнь, ни печаль, ни воздыхание, но жизнь безконечная".

Вечером 6 декабря в Кафедральный соборный храм Христа Спасителя из Патриаршей резиденции в Переделкине Местоблюстителем Патриаршего престола митрополитом Смоленским и Калининградским Кириллом и членами Священного Синода был принесен гроб с телом почившего Святейшего Патриарха. У главных врат храма траурный кортеж встретили многочисленные иерархи, священнослужители и миряне. Тело Святейшего Патриарха было внесено в храм на руках архиереев и поставлено в центре на специально подготовленное возвышение. Рядом с гробом Предстоятеля стояли иподиаконы с дикирием, трикирием и рипидами. Перед гробом были установлены Патриарший жезл, обвитый черной лентой, предносной Патриарший крест и Патриарший куколь. Местоблюститель Патриаршего престола митрополит Кирилл завершил служение всенощного бдения и в сослужении членов Священного Синода возглавил панихиду. Перед началом панихиды митрополит Кирилл обратился к собравшимся со словом о почившем Патриархе: "Преосвященные братья архипастыри, дорогие братья и сестры! В день, когда Святейший Патриарх Алексий в последний раз взошел на Патриаршую кафедру этого общецерковного Патриаршего кафедрального собора, мы, собравшиеся вокруг его гроба, возносим молитву Господу о Великом Господине и Отце нашем Святейшем Патриархе Московском и всея Руси Алексии, который 18 лет нес крестное Патриаршее служение, не сгибаясь под этим крестом, не пытаясь ни на кого этот крест переложить, но, к Богу обращаясь в своих святых молитвах, он получал от Господа помощь, которая многообразно являлась ему на его Патриаршем служении. Сегодня мы просим Господа о том, чтобы Он принял душу его в святые Свои объятья. И мы верим, что Бог услышит наши молитвы. Верим, что Святейший Патриарх войдет в Славу небесную, ибо многое сделал для Славы Божией здесь, на земле. С этой верой и с этой надеждой обратим свою молитву ко Господу, чтобы Он упокоил душу раба Своего Святейшего Патриарха Алексия в селениях праведных". После заупокойного богослужения началось прощание со Святейшим Патриархом тысяч верующих. Круглосуточный доступ в храм для всех желающих проститься со Святейшим Патриархом открыт до 7.00 9 декабря.

Президент Д. А. Медведев подписал Указ "Об организационных мероприятиях в связи с кончиной Патриарха Московского и всея Руси Алексия II": "Патриарх Московский и всея Руси Алексий II навсегда останется в памяти народа России как выдающийся гуманитарный деятель, внесший огромный вклад в укрепление мира и согласия между народами, восстановление исторического и культурного наследия России. Выражая скорбь в связи с кончиной Патриарха Московского и всея Руси Алексия II, постановляю: 1. Предложить учреждениям культуры и телерадиокомпаниям отменить развлекательные мероприятия и передачи в день похорон Патриарха Московского и всея Руси Алексия II. 2. Правительству Российской Федерации и органам государственной власти г. Москвы оказать Московской Патриархии содействие в организации похорон Патриарха Московского и всея Руси Алексия II. 3. Общероссийским телерадиовещательным организациям обеспечить освещение мероприятий, связанных с прощанием с Патриархом Московским и всея Руси Алексием II".

7 декабря в храме Христа Спасителя была совершена заупокойная литургия по скончавшемуся Патриарху Алексию. Богослужение возглавил Местоблюститель Патриаршего престола. В литургии участвовали члены Священного Синода. Вечером был совершен парастас. Люди всю ночь и весь день шли в храм, чтобы проститься с Патриархом Алексием.

8 декабря в храме Христа Спасителя была совершена заупокойная литургия, в которой участвовали настоятели храмов Москвы и Подмосковья. Предстоятель Грузинской Православной Церкви Патриарх-Католикос Илия II возглавил панихиду у гроба Святейшего Патриарха. Служба проходила на грузинском языке. Перед Илией II заупокойное богослужение по Предстоятелю Русской Православной Церкви совершил глава Финской автономной Церкви митрополит Лев. Богослужение шло на финском языке. Храм был переполнен верующими. Почтить память почившего Патриарха пришли и светские деятели, в частности губернатор Московской области Борис Громов. Тысячи людей, несмотря на дождь, собрались у храма. Всего за эти дни со Святейшим Патриархом пришли проститься более 100 000 человек.

9 декабря Местоблюститель Патриаршего престола митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл совершил Божественную литургию в храме Христа Спасителя, где пребывал гроб с телом почившего Предстоятеля Русской Церкви Святейшего Патриарха Алексия. За богослужением молились шесть Предстоятелей Поместных Православных Церквей - Патриарх Константинопольский Варфоломей, КатоликосПатриарх всея Грузии Илия II, Патриарх Румынский Даниил, Митрополит Чешских земель и Словакии Христофор, Архиепископы Албанский Анастасий и Элладский Иероним, а также представители Поместных Церквей: от Александрийской Православной Церкви - митрополит Аксумский Петр; от Антиохийской Православной Церкви - представитель Патриарха Великой Антиохии и всего Востока в Москве епископ Филиппопольский Нифон; от Иерусалимской Православной Церкви - митрополит Капитолиадский Исихий; от Сербской Православной Церкви - председательствующий в Священном Синоде Сербской Православной Церкви митрополит Черногорский и Приморский Амфилохий; от Болгарской Православной Церкви - митрополит Видинский Дометиан; от Кипрской Православной Церкви - митрополит Пафосский Георгий; от Польской Православной Церкви - архиепископ Лодзинский и Познаньский Симон; от Православной Церкви в Америке - архиепископ Оттавский и Канадский Серафим. В богослужении участвовало также 150 архиереев Русской Православной Церкви. К концу литургии в храм прибыли Президент России Д. А. Медведев и Председатель Правительства Российской Федерации В. В. Путин, а также представители Ватикана - кардиналы Вальтер Каспер и Роже Эчегарай, представитель Святого Престола в России архиепископ Антонио Менини, делегация Армянской Апостольской Церкви во главе с Католикосом-Патриархом Гарегином II, представители Евангелической Церкви Германии и всех традиционных конфессий России, в том числе верховный муфтий России Равиль Гайнутдин. Делегацию Церкви Англии возглавил епископ Лондонский Ричард Чартрз. На отпевании Святейшего Патриарха, которое возглавил Патриарх Варфоломей, присутствовали также Президенты Белоруссии и Молдавии - Александр Лукашенко и Владимир Воронин, глава Партии регионов Украины Виктор Янукович, представители кремлевской администрации, правительства, сенаторы, депутаты Госдумы, полпреды Президента в федеральных округах. После церемонии прощания с пятнадцатым Предстоятелем Русской Православной Церкви гроб с телом Патриарха на руках архиереев был вынесен из храма. Траурная процессия совершила крестный ход вокруг собора под погребальный перезвон колоколов храма Христа Спасителя и Московского Кремля. На площадке у Западного крыльца собора была совершена лития, по окончании которой гроб был поднесен к катафалку. Затем похоронный кортеж проследовал в Богоявленский кафедральный собор в Елохове. Несмотря на дождь, на улицах Москвы по маршруту следования кортежа почившего Предстоятеля Русской Православной Церкви провожали в последний путь тысячи верующих. После прибытия к Богоявленскому собору гроб с телом почившего Патриарха был установлен на кафедре в центре храма. Служение последней заупокойной литии у гроба Святейшего Патриарха Алексия возглавил Местоблюститель Патриаршего престола митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл. За последним богослужением у гроба почившего Патриарха молились иерархи Русской Православной Церкви, представители Поместных Православных Церквей. По окончании литии Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II был погребен в склепе в Благовещенском приделе Богоявленского кафедрального собора. Телеканалы "Россия", "Вести", радиостанции "Радио России" и "ВестиFM" в прямом эфире вели трансляцию траурных мероприятий. Церемонию прощания со Святейшим Патриархом по телевидению смотрело полстраны.

Городская управа Таллина поддержала предложение мэра Эдгара Сависаара назвать площадь перед православным храмом в Ласнамяэ в честь Святейшего Патриарха Алексия II. Закладка церкви в честь иконы Божией Матери "Скоропослушница" была освящена почившим Первоиерархом Русской Церкви осенью 2003 года во время его последнего визита в Таллин, где Предстоятель родился.

10 декабря в Патриаршей резиденции в СвятоДаниловом монастыре Москвы под председательством Патриаршего Местоблюстителя митрополита Смоленского и Калининградского Кирилла прошло заседание Священного Синода, на котором были определены сроки проведения предстоящего Поместного Собора Русской Православной Церкви, на котором будет избран Патриарх Московский и всея Руси. Решением Синода Поместный Собор пройдет в Москве 27-29 января 2009 года. В соответствии с Уставом работе Поместного Собора будет предшествовать Архиерейский Собор, который состоится 25-26 января. Создана комиссия по подготовке Поместного Собора, в состав которой включены 29 человек, среди которых архиереи, клирики и миряне. В заседании участвовали митрополит Киевский и всея Украины Владимир, митрополит СанктПетербургский и Ладожский Владимир, Патриарший Экзарх всея Белоруссии митрополит Минский и Слуцкий Филарет, митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий, управляющий делами Московской Патриархии митрополит Калужский и Боровский Климент, митрополит Кишиневский и всея Молдовы Владимир, митрополит Оренбургский и Бузулукский Валентин, архиепископ Костромской и Галичский Александр, архиепископ Новосибирский и Бердский Тихон, епископ Брянский и Севский Феофилакт, епископ Туровский и Мозырский Стефан.

Тысячи людей приходят в Богоявленский собор почтить память Святейшего Патриарха Алексия.